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《四库全书》馆设正总裁一人，总揽馆事。以副总裁囊助之。
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总裁之下，有总阅官、总理阅定各书之事。有总纂官，总理编书之事；有总校官，总理校定之事。有翰林院提调，武英殿提调官，管理提调两处藏书。有总目协勘官，管理协定全书总目之事。总纂官之下，有纂修官，分任编书之事。纂修官又分为四种：一曰校勘《永乐大典》纂修官，二曰校办各省送到遗书纂修官，三曰皇签考证纂修官，四曰天文算学纂修官。总校官之下，有分校官，分任校定之事。分校官除了篆隶分校官之外，多由总纂官兼任。缮书处：专掌钞书之事。有总校官，专掌校对脱误之事。有分校官，分任校对脱误之事。督促官，专掌督促编书钞书之事。翰林院收掌、武英殿收掌，缮写处收掌，分任三处书籍出入之事。监造官，专任刊刻印刷装订之事。
《四库全书》的编纂，从开馆到第一部书成，历任馆职者共360人。其中正总裁官十六人，副总裁官十人，总阅官15人，总纂官3人，总校官一人，翰林院提调官22人，武英殿提调官九人，总目协勘官7人，校勘《永乐大典》纂修兼分校官39人，校办各省送到遗书纂修官6人，皇签考证纂修官2人，天文算学纂修兼分校官3人，缮书处总校官4人，缮书处分校官179人，篆隶分校官2人，绘图分校官1人，督催官3人，翰林院收掌官20人，缮书处收掌官3人，武英殿收掌官14人，监造官3人。在担任正副总裁的26个人之中，有8个人没有能够看到《四库全书》纂修完成。
戴震
戴震，字东原，安徽休宁人。康熙壬午（四十一年）举人。当时最著名的经学大师。乾隆素闻其名，遂以举人特召，充《四库全书》纂修官。《四库全书》的经、史、水地、天算、《楚辞》等类提要，多出于戴震之手；其余大部分，也多为戴震所商订。乙未（乾隆四十年）会试不第，高宗赐同进士出身，授庶吉士。乾隆四十二年（1777）去世，终年54岁。
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纪昀
纪昀，字晓岚，一字春帆，晚号石云，直隶河间人。乾隆十九年进士。《四库全书》总纂官。在《四库》馆十三年，始终其事，全书体例，皆纪昀一手所定。博学多才，贯通儒籍，旁通百家，凡六经传注之得失，诸史记载之异同，子集之支分派别，以及词曲医卜之类，罔不抉奥提纲，溯源彻委。撰《四库全书总目》多至一万余种，无不评骘精审。嘉庆十年正月二日去世（1805），终年82岁，谥文达。
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于敏中
于敏中，字叔子，一字重堂，江苏金坛人。乾隆三年（1738）一甲一名进士，授翰林院修撰。《四库全书》正总裁。
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周永年
周永年，字书昌，济南历城人。生而好学，弃产营书，积五万余卷。首倡《儒藏说》，并约著名学者桂馥筑贷书
园，聚书于其中，以招致来学。乾隆三十六年进士。校办《永乐大典》，无间风雨寒暑，目尽九千钜册，计18000余卷，
丹铅标志，抉摘编摩，先后成帙，凡得世所罕见之书数百种。乾隆五十六年（1791）七月卒，终年62岁。
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陆锡熊
陆锡熊，字健男，号耳山，江苏上海（今上海市）人。乾隆二十六年进士。《四库全书》总纂官。乾隆五十七年（1792）正月去世，终年59岁。
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金简
赐姓金佳氏，满洲正黄旗人。《四库全书》馆副总裁。他以活字法奏请，供《四库》刻书之用，刊刻完工，诏改为武英殿聚珍版。官至吏部尚书。乾隆五十九年（1794）去世，谥勤恪。
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邵晋涵
邵晋涵，字与桐，一字二云，号南江，浙江余姚人。乾隆三十六年会试第一。充《四库全书》纂修官。嘉庆元年（1796）六月去世，终年54岁。
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王际华
王际华，字秋瑞，号白斋，浙江钱塘人。乾隆十年（1745）进士。《四库全书》总裁官。乾隆四十一年（1776），因病卒于任上。赐谥号为文庄。
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以上诸人中，纪昀、戴震以经学著称，陆锡熊、邵晋涵以史学著称，周永年以校勘学著称，皆为一代宗师。其余名列于馆员的学者，如副总裁彭元瑞擅长史学、校勘学。总阅官之中，江苏阳湖人庄存与擅长经学，浙江嘉善人谢墉之擅长小学、校勘学，总目协勘官中，湖北钟祥人李潢之擅长算学，江苏兴化人任大椿擅长经学、小学。校办各省送到遗书纂修官中，安徽桐城人姚鼐之擅长经学、理学、古文，是清代桐城派散文的代表人物。直隶大兴人翁方纲擅长经学、金石学，朱筠擅长经学、小学，黄签考证官直隶定县人王太岳擅长骈文；天文算学纂修官中，直隶宛平人陈际新擅长算学；缮书处分校官中，安徽歙县人金榜擅长经学，洪梧擅长经学、小学，江西南城人曾燠之擅长骈文，江苏阳湖人赵怀玉擅长校勘学；篆隶分校官中，江苏高邮人王念孙擅长经学、小学、校勘学，是当时最著名的小学家。
翁方纲
翁方纲，字正三，号覃溪，顺天大兴人。乾隆十七年（1752）进士，授编修。生平精研经术，博览多闻，于金石谱录、书画词章之学皆能抉择精审。《四库全书》纂修官，负责校办各省进呈书籍。嘉庆二十三年（1818）卒，年86。
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任大椿
任大椿，字幼植，一字子田，江苏兴化人。乾隆三十四年（1769）进士。于典册、制度、名物、文字、音韵之学均研精覃思，驰骋上下。尤深于三《礼》。《四库全书》总目协勘官。于礼经裒集尤多，经类提要多出其手。乾隆五十四年（1789）卒，年62。
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程晋芳
程晋芳，字鱼门，号蕺园，江苏江都人。出身豪富，独好儒术，罄其家财购书五万余卷。乾隆三十八年（1763）借皇帝南巡之机，献赋行在，拔置第一，赐中书舍人。乾隆三十六年中进士。《四库全书》总目协勘官。乾隆四十九年（1784）卒，年67。
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由以上诸人可见，《四库全书》的编纂动用了清代中期乾隆皇帝在位的数十年间几乎全国的学术力量。而乾隆皇帝在位时期，又是中国古代传统学术最为繁荣发达的时期，贤俊蔚兴，人文郁茂，鸿才硕学，肩比踵接，学术之盛，实开数百年来未有之新纪元！他们的学术成果，至今仍然是我们不可逾越的。
《四库》馆开馆之后所受到的各书原本，字体大小不一，比较混乱。如果全部刊刻，则既费钱又费时。所以，采取了抄写的方法，这样既省时间，又节约经费，万一错了，还可以更改。而且书的长短宽窄，皆可统一，分槅插架，完整而美观。在《四库全书》和《四库全书荟要》的抄写过程中，前后几次录用的抄写人员共达2826人。而南三阁的抄写，又改成了雇佣制。为了抄写这三部《四库全书》，从大内帑银中拨银一百多万两。两部《四库全书荟要》和七部《四库全书》的抄写，共录用抄写人员3826人。从乾隆三十八年到乾隆五十二年，这15年中一直抄写不辍。而卷帙繁的《四库全书》终于完成，工程之大，世界罕见。
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