抗日战争结束，台湾回归祖国。1947年，商务印书馆在台北市建立台湾分馆，作为推销本版书的发行机构。按商务旧例，由总馆派赵叔诚为经理，叶友梅为副经理，陈贻成为会计科长，并在就近抽调福州、厦门分馆职员前往。
　　
    1950年10月，台湾当局规定了所谓“大陆商业企业在台分支机构管理办法”，台湾分馆根据规定重行登记，改称“台湾商务印书馆”，并申明由赵叔诚独立经营，登记资产总额为新台币贰十万元。同时登记商务印书馆在台股东。1952年2月，在台股东推选九人组成“业务计划委员会”，作为顾问机构，推王云五为主任委员。1954年王云五担任台湾考试院副院长，辞主任委员职。
　　
    1963年底，王云五退出政坛。1964年5月，台湾商务印书馆召开股东大会，改称“台湾商务印书馆股份有限公司”，成立董事会、监事会，王云五出任董事长（直至1979年去世）。1965年经理赵叔诚辞职，总经理一职先后由王云五在台湾政治大学当兼职教授时的学生徐有守和周道济担任。1974年张连生出任总经理。
　　
    五十年代，台湾商务印书馆出版业务主要是收集1949年以前总馆出版图书样本，陆续翻印出版，年约三、五十种。1964年王云五执掌台湾商务后，业务有所扩大，陆续选印了《万有文库》《丛书集成》《汉译世界名著》等，重印了《国学基本丛书》《中国文化史丛书》《百衲本二十四史》《四库全书珍本》《辞源》《教育大辞书》等。《东方杂志》也于1966年7月重刊（1990年前后终刊）。值得一提的是，在1980年初，张连生开始与台湾故宫博物院磋商影印文渊阁《四库全书》；1982年9月，台湾故宫博物院同意合作；1983年开始出书，于1986年3月底全部印完。
　　
    改革开放后，两岸商务逐步有了一些业务交流。1988年，台湾商务印书馆总经理张连生来京会谈。1990年，台湾商务印书馆编审代表团一行十二人来馆访问。1993年，由京、港、台、新、马五家商务合营的商务印书馆国际有限公司在北京成立。